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根據媒體報導的原因，食藥署食品組簡任技正林旭陽表示：由於糞腸球菌主要從糞便中分離出，屎腸球菌則是從腸道中分離，兩者也可能從環境中分離出來，兩種球菌不像乳酸菌、比菲德式菌等，菌株穩定，糞腸、屎腸球菌經過人體或是環境，容易接觸外在細菌，使外在的物質容易汙染原有的菌株，有可能會有遺傳物質的轉移。

此外受到汙染的菌株再次進入到人體，恐怕會造成體內細菌大亂，因此，目前經過評估預告限制「糞腸球菌（Enterococcus faecalis）及屎腸球菌（Enterococcus faecium）不得作為食品原料使用」
 

糞腸球菌（Enterococcus faecalis），以前的分類稱為糞鏈球菌（Streptococcus faecalis），在1984年，因為基因體DNA分析出腸球菌和鏈球菌的不同，就將腸球菌獨立成為一屬。

已知因為容易產生抗藥性，在2017年初，世界衛生組織（WHO）甚至將抗萬古黴素腸球菌列為「高度威脅」的致病菌，這些年國際上其實早就慢慢地不使用這類菌種（腸球菌；Enterococcus）當作益生菌製劑來補充。

以下是目前市面有使用腸球菌的益生菌品牌， 
各位家長挑選時要多加留意 (可看成分 是否有Enterococcus faecalis ，Streptococcus faecalis，Enterococcus faecium 自行評估) 
●康貝兒 
●益菌王 
●樂兒樂 
●敏元素 
●安敏樂  
●樂美益生菌 
●常寶優菌膠囊 
●活益常隨身粉包 
●金敏立清益生菌 
●小兒利撒爾活菌12 

糞腸球菌（Enterococcus faecalis）藥品

台灣登記的有：

1. 武田 欣表飛鳴（指示藥）
2. 若元胃腸錠（指示藥）
3. 百賜益錠Bio-Three Tablets（指示藥）
4. 大豐 固兒美顆粒GOODMIN（指示藥）
5. 榮民 整腸錠VIOMENT（指示藥

糞腸球菌（Enterococcus faecalis）食品

藥廠等級有：

1. 百賜益細粒共生三益菌

抗性糞腸球菌藥品（可抵抗抗生素，就是有抗藥性的意思）

台灣常見的有：

1. 武田表飛鳴R樂散（處方藥）
2. 若元整腸粉Lebenin（處方藥）

屎腸球菌（Enterococcus faecium）藥品

目前有：

1. 衛樂舒散（註：此為韓國東丘藥廠製品，根據原廠仿單內容，採用的原料是瑞士Cerbios-Pharma SA藥廠的SF68®菌株，是屎腸球菌（E. faecium），但衛生署網頁確豋載原料是糞腸球菌，猜想是衛生署網頁豋載錯誤。）
   
   
   資訊來源:
   資訊來源: 台灣食品/藥品含糞腸/屎腸球菌列表
   資料來源：UDN 聯合新聞網 - 糞腸、屎腸球菌變異大 食藥署：禁做食品原料 
   資訊來源: 蘋果日報 - 腸球菌真的out？！對你有什麼影響 
   資訊來源: 自由時報【這真的】你有買這些益生菌嗎？它們即將被禁用了？原來不是謠言啊！食藥署也有出來公告說明
   
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